Lembaga Penelitian dan Pengembangan Universitas Ahmad Dahlan (LPP UAD) didirikan pada tanggal 18 Oktober 1991, berdasarkan SK Rektor IKIP Muhammadiyah Yogyakarta Nomor 60 Tahun 1991 yang kemudian diperbaharui dalam Statuta UAD berdasarkan SK Rektor UAD Nomor 001 Tahun 2001. LPP UAD mengkoordinasikan, memantau, menilai dan menyebarluaskan informasi yang berkaitan dengan pelaksanaan kegiatan penelitian para dosen serta mengelola sumber daya yang diperlukan dalam penyelenggaraan penelitian dan publikasi hasil–hasil penelitian. Lembaga LPP UAD juga melaksanakan kegiatan–kegiatan penelitian yang bersifat pengembangan institusional dan persyarikatan Muhammadiyah.

LPP UAD didukung oleh 15 Pusat Studi dalam berbagai bidang kajian : Pusat Studi lingkungan dan Penanganan Bencana (PSLPB), Center for Integrated Research and Innovation (CIRNOV), Pusat Studi Wanita (PSW), Pusat Studi Dinamika Sosial (PSDS), Pusat Studi Pengembangan Mutu Sekolah (PSPMS), Pusat Studi Analisis Kebijakan Nasional (PS SIJAKNAS), Mobile Technology Inovation Center (MOTIC), Children and Family Education Center (CIVAQ), Pusat Studi Fisika Terapan (PUSFIT), Pusat Astronomi (PASTRON), Pusat Pengembangan Teknologi Tepat Guna (PPTTG), Pusat Studi Keselamatan dan Kesehatan Kerja (PS-K3), Center of Tourism and Creative Business (COTRESS), Ahmad Dahlan Drug Information and Carises Center (ADDICC), Sentra HKI (Hak kekayaan Intelektul).